SOFT : MetaPhlAn3
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Site du soft: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/tree/3.0
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LICENSE:
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MIT

See software documentation for more informations.

Location: /usr/local/bioinfo/src/MetaPhlAn3
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Load binaries and environment:
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-> Version v3.0.6

#Need Bowtie2 (>=2.3)
module load bioinfo/bowtie2-2.3.5.1

module load bioinfo/metaphlan-3.0.6


Localisation des databases par défaut:
/usr/local/bioinfo/src/MetaPhlAn3/metaphlan-3.0.6_venv/lib/python3.6/site-packages/metaphlan/metaphlan_databases

Ce répertoire contient la version v30 de la banque.
Par défaut metaphlan essaie de mettre à jour avec la dernière version ...
sauf que vous n'avez pas le droit d'écrire dans ce répertoire.

Pour indiquer à metaphlan d'utiliser la version 30 ajouter l'option :
--index mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901

Autre solution : construire la banque chez vous
metaphlan --install --bowtie2db PATH_TO_MY_OWN_FOLDER

ensuite lancer metaphlan "normalement" avec les options
--bowtie2db PATH_TO_MY_OWN_FOLDER
--index mpa_vXX_CHOCOPhlAn_201901

ou XX est la version de la banque installée.
Utiliser l'option --index est une bonne pratique pour la traçabilité 
et surtout pouvoir rejouer la commande avec les mêmes entrées.


Example directory for use on cluster:
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/usr/local/bioinfo/src/MetaPhlAn3/example_on_cluster

To submit: sbatch test_metaphlan-3.0.6.sh

See software documentation and our FAQ (http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/faq/) for more informations.