SOFT : MetaPhlAn
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Site du soft: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn
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LICENSE:
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MIT

See software documentation for more informations.

Location: /usr/local/bioinfo/src/MetaPhlAn
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Load binaries and environment:
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-> Version v4.0.6

#Need Miniconda3
module load system/Miniconda3
module load bioinfo/MetaPhlAn-4.0.6

To unload (in order):

module unload bioinfo/MetaPhlAn-4.0.6
module unload system/Miniconda3


The MetaPhlAn 4 database has been substantially increased in comparison with the previous 3.1 version. Thus, for running MetaPhlAn 4, a minimum of 15GB or memory is needed.

Localisation des databases par défaut:
/usr/local/bioinfo/src/MetaPhlAn/MetaPhlAn-4.0.6/database/

Pour les utiliser: metphlan --bowtie2db /usr/local/bioinfo/src/MetaPhlAn/MetaPhlAn-4.0.6/database/ ...

Ce répertoire contient la version vOct22 de la banque.
Par défaut metaphlan essaie de mettre à jour avec la dernière version. 
Mais vous n'avez pas le droit d'écrire dans ce répertoire.

Pour indiquer à metaphlan d'utiliser la version vOct22 ,et éviter la tentative de mise à jour, ajouter l'option  :
--index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212

Autre solution : construire la banque chez vous
metaphlan --install --bowtie2db PATH_TO_MY_OWN_FOLDER

ensuite lancer metaphlan "normalement" avec les options
--bowtie2db PATH_TO_MY_OWN_FOLDER
--index mpa_vXX_CHOCOPhlAn_202212

ou XX est la version de la banque installée.
Utiliser l'option --index est une bonne pratique pour la traçabilité
et surtout pouvoir rejouer la commande avec les mêmes entrées.

Example directory for use on cluster:
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/usr/local/bioinfo/src/MetaPhlAn/example_on_cluster

To submit: sbatch test_MetaPhlAn-4.0.6.sh

See software documentation and our FAQ (http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/faq/) for more informations.